Los virus son el mayor riesgo en la seguridad de las Intranet. Pueden dañar datos, ocupar y consumir recursos, e interrumpir operaciones. Los archivos de programas eran la principal fuente de problemas en el pasado, pero los nuevos virus de "macro" se pueden esconder en archivos de datos e iniciarse, por ejemplo, cuando se ejecutan una macro en un programa de procesamiento de texto. El software para examinar virus basado en el servidor y el basado en el cliente poseen dispositivos que ayudan a proteger a la Intranet.
Un virus se esconde dentro de un programa. Hasta que ejecutes el programa infectado, el virus permanece inactivo, entonces el virus entra en acción. Algunas veces, lo primero que se hará infectar otros programas del disco duro copiándose de ellos.
Algunos virus colocan mensajes denominados V-marcadores o marcadores de virus dentro de programas que están infectados y ayudan a manejar las actividades víricas. Cada virus tiene un marcador de virus especifico asociado con él. Si un virus se encuentra con uno de estos marcadores en otro programa, sabe que el programa ya está infectado y de ese modo no se reproduce allí. Cuando un virus no encuentra ningún archivo sin marcar en una computadora, eso puede indicar al virus que no hay que infectar más archivos. En este momento, el virus empieza a estropear la computadora y sus datos. Los virus no pueden corromper los archivos de programas o de datos ya que cuando se ejecutan funcionan extrañamente, no funcionan o causan daños. Pueden destruir todos los archivos de tu computadora necesita cuando se conecta y provocar otro tipo de averías.
El software para examinar virus se ejecuta en un servidor dentro del firewall de una Intranet. El software no comprueba la posible existencia de virus en cada paquete que entra en la Intranet, ya que eso sería imposible. En su lugar, sólo comprueba aquellos paquetes enviados con los tipos de servicios y protocolos Internet que indican que un archivo puede encontrarse en el proceso de transferencia desde Internet, comúnmente, e-mail (que se envía mediante SMTP, (Protocolo Simple de Transferencia de Correo), el Protocolo de Transferencia de Archivos (FTP) y la World Wide Web (http; Protocolo Transferencia de Hipertexto). EL software emplea la tecnología de filtrado de paquetes para determinar qué paquetes se están enviando con estos protocolos
Cuando el software encuentra paquetes que se envían con SMTP, FTP o HTTP, sabe que debe examinarlos más a fondo, para ver si tienen virus. El software para examinar virus funciona de varias maneras. Un método de detección es comprobar archivos para revelar marcadores de virus que indican la presencia de un virus. Los paquetes que no están utilizando SMTP, FTP o http (como TNP) se admiten y el software no realiza ninguna acción en ellos.
Si se encuentra que el archivo está libre de virus, se le permite pasar. Si se encuentra que tiene virus, no se le permitirá entrar en la Intranet.
El software antivirus también debería ejecutarse en computadoras individuales dentro de la Intranet porque es posible que se pueda introducir un virus en la Intranet por disquetes, por ejemplo. Además de la protección contra virus, puede detectar virus y extirpar cualquier virus que encuentre.
